这是有争议的：

2003年3月18日－美国作家丹·布朗（en:Dan Brown）出版小说：《达·芬奇密码》（en:The Da Vinci Code），在这部悬念惊悚小说《达·芬奇密码》一书中，丹·布朗运用达·芬奇的著名画作《最后的晚餐》来解释关于基督教起源的既有趣，但也许是不可信的理论。该书的主人公——一位研究符号学的学者，声称“圣杯”（Holy Grail）并不是一个有形的物体，而是一种后来遭教会压制的强烈的女性气质。他说，玛利亚·抹大拉并不是妓女，而是耶稣的妻子，是一位为其生育后代的皇室成员，也即是说，她是传承皇家血统的女性（Holy Grail）。耶稣计划让她接替自己执掌教会。该画作中隐含的细节，来自一个符号学家的分析。

书中指出此画中耶稣右手边的门徒约翰，其实是位女人，是抹大拉的玛利亚，因此引起了相当大的争议，至今仍无结论。注意画中有一只握着匕首的手,令人着迷的是这只手似乎不属于画中任何一人.