孝宗的个人修养，首先得益于他较早地合法取得了皇太子的地位。他6岁就被父亲宪宗立为太子。9岁的时候，就出阁讲学了。皇太子出阁讲学，是接受正规教育的开始。担任教育职责的官员一般都是学养深粹之人。例如，担任朱祐樘的讲读官中，就有彭华、刘健、程敏政等人。彭华是江西安福人，依附万安，品行不是很好，但毕竟是景泰五年的状元；刘健是河南洛阳人，与明初的理学大师薛瑄的弟子阎禹锡、白良辅一起学习，据说是“得河东薛瑄之传”的；程敏政是南直隶的徽州府休宁县人，10岁被人称作神童，荐入翰林院里读书。
　　据说，当时辅导东宫太子读书的人中，学问最渊博的就算程敏政了。单举这三个人，就可以知道宪宗对于皇太子教育的高 文华殿度关注。皇太子一旦出阁讲学，之后除了大风雨雪天气以及酷热与严寒，每天都必须举行讲读。讲读的内容是四书（即《论语》、《大学》、《中庸》和《孟子》）以及经、史。一般的形式是上午先读，下午再讲。讲读的地点，当时是在文华后殿。除了读书之外，皇帝还必须练字，由专门的侍书来辅导，春、夏、秋三季每天写100字，冬天每日写50字。因此，从某种意义上来说，是集天下之英才来对皇太子进行教育。所以，孝宗从9岁出阁讲学到18岁即位，整整接受了非常正规的9年教育。
　　除了大臣对他的教育外，据说宫中太监覃吉对他的影响也很大。孝宗9岁的时候，老年的覃吉每天给太子口授朱熹的《四书章句》。正是在宫中、外廷的双重教育之下，年轻的朱祐樘才不至于像后来的明代帝王那样淫佚放纵。当然，按照古代对于皇帝的神化宣传，朱祐樘天性就是一个贤明的君主。据说，丧母时的朱祐樘虽然只有6岁，却会“哀慕如成人”。幼年失母，对于孝宗影响深远，也许孝宗后来的善良、温和、宽容，除了儒家的教育之外，还源于幼年时弱者的心态。孝宗在处理万贵妃一事上，最能体现他的宽容。尽管传说母亲纪氏是被万贵妃害死的，但是，当他即位后一位官员上疏要求惩办已死的万贵妃及其族人的时候，孝宗认为这样的做法是违背先帝的意愿，不愿接受。
　　然而，有趣的是，照儒家的教育，尤其是明代重视理学的气氛下，皇帝所具备的学识应当集中于对伦理的把握和对历史的领悟，而不是诗文、书画、琴瑟之类的小技。但是，在明代皇帝中，尽管孝宗在遵守儒家的伦理上做得算是最严谨的了，却不愿放弃他对于艺术的爱好。我们翻开《明史·艺文志》，可以看到孝宗有《诗集》5卷，可惜今天已经看不到了。明末清初的一位大学者钱谦益，编写了《列朝诗集》。其中明代部分就收入了孝宗的一首诗《静中吟》：
　　习静调元养此身，此身无恙即天真。
　　　周家八百延光祚，社稷安危在得人。
　　坦率地说，诗写得并不好，前两句还有些养身术的气韵（弘治后期朱祐樘也开始迷恋斋醮、符箓），但后两句最合儒家学者“文以载道”的口味。据钱谦益说，诗歌是从弘治朝臣李东阳的《麓堂集》里摘抄出来的，并且连带着将大诗人李东阳的赞词一并抄了出来，其中几句说：“大哉王言，众理兼有，惟德与功，为三不朽。”
　　中国古代有“三不朽”的说法，指立德、立功、立言。孝宗既有诗集，真能合三不朽的美誉了。只因诗中还提到“周家八百延光祚”，指周朝800年的统治，所以使钱谦益还想到另外的比附。他想，孝宗不单可以比作汉文帝、宋仁宗，还是周成王———“孝宗皇帝，本朝之周成王、汉孝文也”！
　　除了在诗歌方面的兴趣，孝宗对于绘画、弹琴也很喜爱。清人姜绍书就提到孝宗爱好绘画与琴道的事情。在士大夫们看来，皇帝喜欢乐曲，恐怕将来会滑入贪图享受的深渊中。因此，一些专门负责纠察朝政的言官们就纷纷上疏，劝说孝宗不要耽于声乐，而要把更多的精力放在修养身心之上。孝宗总是表面上接受，私下里却对旁边的太监们说：“弹琴何损于事？劳此辈言之。”意思是说，弹琴与政务又有什么冲突呢，要你们多嘴。他本人对言官的劝谏虽不以为然，却也不以为忤，这正表现了他宽容的一面。
　　他还尽可能地避免来自士大夫们的批评。例如，他擅长绘画，宫中也有许多画师。有一次，他赐给画师吴伟几匹彩缎，害怕大臣们知道后没完地议论，对吴伟说：“急持去，毋使酸子知道！”意思是说，赶紧拿去，别让那些酸腐的书生们知道。孝宗之所以受到儒家士大夫们的一致称颂，主要在于他始终在表面上给士大夫们留下充足的情面。