肾结核的囊叫空洞，与多囊肾的囊是不同的。多囊肾切面显示，囊肿一致性分布于皮质和髓质，肾盂肾盏常显著变形。肾结核主要病理变化为肾皮质的阻塞性缺血性萎缩肾髓质的干酪样坏死空洞形成及尿路的纤维化和梗阻。肾结核的另一病理特点为纤维化和钙化血管周围纤维化使肾内动脉狭窄内膜增厚动脉管腔狭窄而导致肾皮质萎缩称为“梗阻性肾皮质萎缩”此为肾结核肾皮质的主要病理改变肾盏肾盂和输尿管结核病变纤维化可使管腔狭窄甚至完全梗阻晚期肾结核可形成钙化先出现于空洞边缘呈斑点状。